Neste longa metragem, a história começa com um assalto cometido pela gangue dos Dragões púrpuras quando, como sempre, são impedidos pelas quatro Tartarugas. o “problema” é que em seu esconderijo, as Tartarugas juram para o Mestre Splinter que não saíram às ruas e decidem investigar os quatro misteriosos quelônios. Que acabam se mostrando serem mesmo as Tartarugas Ninja, só que as versões da série de TV de 1987. O que aconteceu é que, após mais uma briga com o Destruidor, uma explosão as mandou para outra dimensão, e acabaram caindo ali, naquele mundo tão parecido, mas ao mesmo tempo, tão diferente do deles.